运用微生物发酵木质素纤维生产制造酒精的加工工艺大概可分成直接法、间接法、同一糖化发醇和固定化细胞发醇。直接法指得用同一微生物开展纤维素的糖化水解和乙醇发醇的加工过程。直接法中常见的微生物是热纤维梭菌。
經過诱变更新改造的重组热纤维梭菌用作发醇，其酒精产率能达9g/L，乙酸生产量也可以达标9g/L。热纤维梭菌若与热硫化氢梭菌共同作用，还可使生产量大幅提高。运用混合菌发醇，能够一部分处理产率不够的问題；间接法指得先放一种微生物水解纤维素，收集酶解后的糖液，再运用酵母发醇生产制造乙醇。此法中常见木霉的纤维素酶来水解纤维素，产生的糖液再开展发醇，其酒精生产量可达标97g/L。但这类方式中纤维素需先放氢氧化钠开展预处理，因此利润较高；同一糖化发醇指得用一种可产生纤维素酶的微生物和酵母在同一容器中持续开展纤维素的糖化和发醇。
在这一加工工艺历程中，纤维素水解后产生的葡萄糖能够被不断用作发醇，因此排除了高浓度葡萄糖对纤维素酶活性抑制，简易了设备，减短了生产制造周期时间，提升了生产率。但也存有某些抑制要素，如木糖的抑制作用、糖化和发醇的溫度不协调性等；固定化细胞发醇具备提升发醇器内细胞浓度、细胞可持续使用、最终发酵液酒精浓度高等特点。科研数最多的是酵母和运动发醇单胞菌的固定化。常见载体有海藻酸钠、卡拉胶、多孔玻璃等。科研表明，固定化运动发醇单胞菌比酵母更具优越性。近期又有将微生物固定在气液界面上开展发醇的科研新闻报道，其微生物活性比固定在固体介质上高。固定化细胞的新动向是混合固定化细胞发醇，如酵母与纤维二糖一同固定化细胞发醇，将纤维二糖基质转化成酒精，被觉得应以木质素纤维原料生产制造酒精的关键阶梯。
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